Das IFZ wird analog zur ganzen Hochschule Luzern – Wirtschaft in einer Matrixorganisation geführt. Auf der einen Seite werden Fachbereiche unterschieden, auf der anderen Seite Leistungsbereiche (Ausbildung, Weiterbildung, Forschung, Dienstleistungen). Zentrale Rollen spielen die Mitglieder der Institutsleitung und die Studien- und Projektleiter, welche in Eigenverantwortung wesentlich zur Innovation und Qualitätssicherung beitragen.
